「run short」は「不足する、足りなくなる」という意味です。
Sugar is running short.
砂糖が不足してきている。
Our food supply ran short.
我々の食糧の貯蔵が足りなくなった。
His patience was running short.
彼はもう我慢しきれなくなりかかっていた。
Food was abundant; water, on the contrary, was running short.
食物は十分にあったが、それに比べて水は不足してきていた。
Time is running short.
刻一刻と時間がなくなっていく。
I realize that our funds are running short.
資金が乏しくなっていることは心得ている。
Fuel is running short.
燃料が残り少なくなった。
Materials are running short.
材料が不足してきた。